Удержание возможно только если это прописано в трудовом договоре или договоре ГПХ, и если порча произошла по вине курьера (доказано фото/видео или актом). По ТК РФ с сотрудника можно взыскать не более среднего месячного заработка, а для удержания полной суммы потребуется его добровольное письменное согласие или решение суда.
На практике проще и законнее использовать систему депремирования: установить KPI, где часть оплаты (премия) зависит от отсутствия жалоб и брака при доставке. Если курьер внешний (агрегатор), ответственность регулируется вашим договором с сервисом доставки, и вы вправе требовать компенсации от них по их внутренним регламентам.